Может ли нотариус в Санкт-Петербурге удостоверить договор по продаже доли в Уставном капитале ООО, зарегистрированного в другом регионе?

Да, удостоверить договор по продаже доли в Уставном капитале ООО, зарегистрированного в другом регионе нотариус может.